Kontrola towarzyszy realizacji każdego projektu, któremu udzielone zostało wsparcie z funduszy unijnych. Jest obowiązkowym elementem w trakcie jego trwania lub krótko po zakończeniu, poprzedzając ostateczne rozliczenie. Może też nastąpić w trakcie okresu trwałości. Twój projekt będzie mógł podlegać następującym kontrolom:

1. Weryfikacja wniosków o płatność – każdy złożony przez Ciebie wniosek o płatność zostanie sprawdzony pod kątem formalnym i rachunkowym; dodatkowo sprawdzone zostanie, czy wydatki ujęte w tym wniosku do refundacji lub rozliczenia są wydatkami kwalifikowalnymi;
2. Kontrola w miejscu jego realizacji lub w twojej siedzibie – może być prowadzona w trakcie realizacji projektu, na jego zakończenie lub po jego zakończeniu; kontroli podlegać będzie dokumentacja i zakres rzeczowy realizowanego projektu; szczególną formą kontroli na miejscu jest wizyta monitoringowa, polegająca na sprawdzeniu, czy faktycznie projekt jest wykonywany;
3. Kontrola krzyżowa – realizowana będzie w sytuacji, gdy realizujesz więcej niż jeden projekt lub gdy realizowałeś projekty w latach 2007-13. Sprawdzane będzie, czy w ramach kilku projektów nie były finansowane te same wydatki; w kontroli tej nie uczestniczysz – prowadzona jest ona bowiem na podstawie danych zgromadzonych w systemie informatycznym; możesz dowiedzieć się o niej tylko wówczas, gdy zachodzi podejrzenie podwójnego finansowania i jesteś proszony o przedłożenie konkretnych dokumentów do weryfikacji;
4. Kontrola na zakończenie – w ramach tej kontroli instytucja sprawdza kompletność i zgodność z procedurami całej dokumentacji związanej z realizacją projektu, którą zobowiązany jesteś posiadać; zakres czynności może też obejmować kontrolę w miejscu realizacji projektu;
5. Kontrola trwałości – prowadzona po zakończeniu realizacji projektu – co do zasady sprawdzeniu podlega, czy nie zaszły w projekcie niedozwolone modyfikacje
6. Innym kontrolom – realizowanym na podstawie odrębnych przepisów bezpośrednio przez Komisję Europejską, Europejski Trybunał Obrachunkowy, Prezesa Urzędu Zamówień Publicznych, Instytucję Audytową lub Najwyższą Izbę Kontroli.

Po zakończeniu kontroli zostaje sporządzona informacja pokontrolna. Jeżeli podczas kontroli wykryte zostaną nieprawidłowości, otrzymasz zalecenia pokontrolne wraz z terminem ich wypełnienia.